一、生长环境不同
1、绿苔
生长在湿地、墙上、井中、屋瓦及水中等处。
2、丝藻
丝藻多见于淡水，常附著於沉水的岩石和木头，或漂浮在死水表面，也有生活於土壤或海水中的种类。
二、形态特征不同
1、绿苔
绿苔色泽翠绿，茎细如丝。
2、丝藻
丝藻的体型多种多样，有单细胞、群体、丝状体或叶状体。
三、应用和价值不同
1、绿苔
绿苔有一定的危害性。绿苔与水草、其它藻类争夺养分，过度消耗水体营养，破坏池塘正常的物质代谢，使养殖水体清瘦。使水草生长受抑制，浮游生物生周期性生长被破坏导致水体藻相失衡，所有这些都会影响小龙虾、蟹、鱼的正常生长。
2、丝藻
丝藻的经济价值很高。贮藏的营养物质主要为淀粉和油类。丝藻中如石莼、礁膜、浒苔等历来是沿海人民广为采捞的食用海藻。
