1、 科属不同
衣藻是绿藻纲团藻目衣藻科衣藻属。
硅藻是硅藻纲硅藻种的一类具有色素体的单细胞植物。
2、 特形态特征不同
衣藻藻体为单细胞，球形或卵形，前端有两条等长的鞭毛，能游动。鞭毛基部有伸缩泡两个另在细胞的近前端，有红色眼点一个。载色体大型杯状，具淀粉核一枚。无性繁殖产生游动孢子有性生殖为同配、异配和卵式生殖。
硅藻是单细胞种类，少数为群体。细胞壁高度硅质化，成为坚硬的壳体，壳体由上、下两个半壳套合而成。光合作用色素主要有叶绿素a、叶绿素c和胡萝卜素、岩藻黄素、硅藻甲黄素等，因此，它的色素体呈黄绿色或黄褐色。
3、 分布不同
衣藻广布于水沟、洼地和含微量有机质的小型水体中，早春晚秋最为繁盛。一些含蛋白质较丰富的种类，可培养作饲料或食用。
硅藻分布极其广泛。在世界大洋中，只要有水的地方，一般都有硅藻的踪迹，尤其是在温带和热带海区。因为硅藻种类多、数量大，因而被称为海洋的“草原”。
衣藻细胞前端有红色的眼点，后端有杯状叶绿体，用碘液可以染成蓝紫色
硅藻细胞内有白色的脂肪颗粒，用苏丹III可以染成橙色。
