探寻蛮子洞的起源，学术界主要有三种说法：
1、穴居说
四川的蛮子洞有可能是古蜀地原著居民板楯蛮以及僚人的居住场所。僚人古称獠、乌浒【hǔ】，是中国古代民族之一。据《华阳国志》载：“蜀土无僚，乃是始从山出，自巴至犍为，梓潼，布满山谷，大为民患。”为抵抗司马氏的东晋政权，从公元338年（东晋咸康年间）开始，成汉国昭文帝李寿把以贵州牂牁【zāng kē】（古国名，位于今贵州省黔东南自治州黄平县旧州镇）为中心的云南、广西及四川周边诸省的十多万户僚人迁入四川，几乎遍布整个四川盆地，岷江、沱江中下游尤为密集，乐山一带完全成了僚人的天下。
賨人是我国古代西南、华南地区分布广泛的少数民族，属于古羌族的一支。据史料记载，賨人使用的武器叫“板楯”，板楯是一种比一般弓箭威力更大、射程更远的弓弩，賨人因此被人称作“板楯蛮”，俗称蛮人。賨人善射老虎，勇猛强悍，锐气喜舞。
2、崖墓说
古蜀人死后，将亲人葬于蛮洞，也是一种中国古代社会西南片区一种流行的丧葬方式，据考证汉代流行于岷江流域的一种仿生人住宅、凿山为室的墓葬形式就同这种丧葬方式较为类似。在四川很多地区发现的“蛮子洞”确实也就是是古代的崖墓，而且大多属于东汉时期，东汉时期的先民们有视死如生的信奉，因此崖墓出土文物多人物俑、动物俑、房屋俑、田园家禽等模型，如有名的有乐山麻浩崖墓、彭山江口崖墓、三台郪江崖墓等，总的来说四川的“蛮子洞”和北方的崖葬、悬棺有着根本的区别，毕竟不属于一个文化区域，乃至在陕西南部商洛县也很多这种洞口，当地叫巴人洞，也就是是巴人崖墓。
3、哨所说
也有学者提出这种穴洞可能是古代老百姓躲避战乱时候的哨所，不排除有这种可能性。川东北地区有单个存在的蛮子洞，类似于卡口，还有石梯，部分石梯旁还堆有石墙，并且石墙还有瞭望孔。但是川南地区许多蛮子洞建在低矮处，若是称为哨所，恐怕就是贻笑大方。
我还是比较认可穴居说与墓葬说，毕竟伴随着不同的时代，这些四川蛮子洞都发挥着不同的时代作用，每当中原之地发生战乱，攀居一隅的天府之国收纳了许多异地的老百姓，不论是躲避战乱的賨人还是客家人、湖广填四川的“省外人”，这些一辈又一辈先民来到这片热土，辛勤开垦，创造了绚丽多彩的天府文化，作为后来人，我们感恩先辈们的辛勤开垦作为新时代的我们，我们有信心接过历史的大旗，为大美四川贡献自己的力量。
