主要区别。第一，种类不同，绿藻是高能量的植物而蓝藻不是植物，它是大型单细胞原核生物。第二，体表不同，绿藻多数是有叶片而蓝藻不具叶绿体、线粒体、高尔基体、中心体、内质网和液泡等细胞器，细胞器是核糖体。
绿藻藻体呈草绿色，藻体类型非常多样化，有单细胞的类型，也有单细胞群体和多细胞类型。
1、蓝藻是一种螺旋状的咸水性藻类，又称为螺旋藻。其体积较绿藻大约100倍，以肉眼即可分辨之。
2、二者均含有丰富的蛋白质及可预防癌症的胡萝卜素。而绿藻中的叶绿素含量是蓝藻的3倍，可以说是最绿的绿色植物。
3、绿藻的细胞壁较蓝藻厚，由于细胞壁的存在，绿藻能与体内有害的重金属、农药、抗生素等物质结合而排体外，更重要的是绿藻细胞壁含“活性多醣体”可诱发与免疫系统有关的干扰素产生。
4、绿藻是真核植物，而蓝藻是原核生物.最大区别是有无成型细胞核，其次细胞壁成分也不同，蓝藻是肽聚糖，且蓝藻无叶绿体（也是区别），但有藻蓝素和叶绿素。
5、绿藻植物的细胞与高等植物相似，也有细胞核和叶绿体，有相似的色素、贮藏养分及细胞壁的成分。色素中以叶绿素a和b最多，还有叶黄素和胡萝卜素，故呈绿色。
6、绿藻的体型多种多样，有单细胞、群体、丝状体或叶状体。可以看到游动细胞有2或4条等长的顶生的尾鞭型的鞭毛。
7、一般蓝藻是生活在咸水区域，如很多海水藻。绿藻一般生活在淡水区域。
