咖啡粉自然发酵，原料和咖啡樱桃的质量至关重要，酵母(在发酵过程中)只能利用现有的物质来展示或增强特定的芳香化合物，因为它们的代谢过程不同。植物需要矿物质、氮和氨基酸。唯一的办法就是制定一个健康计划。这样才能得到好的咖啡樱桃。
发酵是处理咖啡果实最重要的一个环节，这里可以从反应类型分为两大类：
◆ 需氧发酵
仅当氧气存在的基础上才发生的发酵反应。工艺上非常简单，把咖啡果实放在容器中（比如罐子里，甚至是平铺在地上）好氧菌就会处理完剩下的事情，我们只需要在过程中监控好时间和温度，就可以良好地分析和控制反应了。
◆ 厌氧发酵
厌氧发酵通常要把咖啡果实置于密闭的容器中或是置于水洗槽中以在水中发酵，这里可以使用不同的微生物进行发酵（比如说现在很多的厌氧发酵、红酒处理法等可能会引入特定品种的酵母菌以制造出特殊的风味）。
发酵是酵母（酿酒酵母）和细菌（乳酸菌）等微生物消耗和代谢咖啡樱桃中的糖和酸等化合物的自然过程，最终这些化合物被分解成酸和醇。
为什么要发酵咖啡发酵至关重要，它会影响咖啡的味道和香气。果胶是由糖、氨基酸、芳香化合物前体等组成的，如果想要发现咖啡豆中潜在的香味，就必须注意这一点。还记得糖和酸在发酵过程中是如何被分解的吗?正是这些相同的反应构成了味道。如果糖和酸在可控的条件下，在适当的温度和时间范围内分解，咖啡豆的风味和香气就会更好。
