1、地方政府的经济职能定位不清。有为数不少的地方政府在市场经济条件下的职能没有完全理清，即他们应该干什么、怎么干都不明确，政企、政经不分。在一些党委、政府的决策中，传统的计划经济管理方式还比较普遍。他们常常越位，替代市场，干预和帮助市场微观主体决策。
2、行政体制条块分割。我国是较为典型的中央集权制国家，中央部委与地方各部门存在着业务上的领导与被领导的关系，每一个部委有本身的特殊利益，各级地方更是利益的主体。纵横交错的行政级次、级别，把我国分成了多级区域。一般而言，每多一个行政级次，就新增加一个利益单位，或者说多一个有可能实施保护的区域。
3、干部选任考核体制不完善。一些干部为了创造更多的工作政绩而被提拔，他们从本地区的利益出发，制定自己的发展战略，从而出现地区封锁等行政限制竞争行为，以此保护本地经济利益免遭损害。同时为了实现本地区的经济发展目标，使原本应维护宏观整体利益变成了只维护局部利益，自觉或不自觉地把自己变成地方保护主义的工具，使行政性限制竞争行为“合法化”。
4、长期计划经济体制的影响。我国建国后的很长时间是实行计划经济，经济运行按照行政模式进行，后虽进行经济体制和政治体制改革，计划经济逐步转向市场经济，但长期凝固而成的行政管理模式的影响却依然根深蒂固，行政性限制竞争行为不仅没有减少，反而得到滋长，政府机构及政府工作人员对经济生活进行干预的冲动可能性乃至于干预的强度往往大于市场经济手段。
5、执法机构受地方制约太多无法独立执法。由于国家和地方财力有限，无法保证办案所需，有些执法机关便在执法过程中靠牺牲法律，扁袒本地的一方，从中获得许多不正当、不合法的利益来保证工作的正常运转。一些执法人员廉洁自律意识差，利用手中的职权，为本地区有经济实力的人提供“法律服务”，从中获得好处。因此，执法机构无论是主观上，还是客观上都有实现地方保护主义的利益动机
缺乏司法审查制度。地方保护主义是指地方国家机构及其成员以违背国家的政策，法治的方式去滥用，或者消极行使手中权力，以作为或者不作为的方式，不适当的维护或扩大该地方局部利益的倾向。
根源是地方利益至上。
一个地方的利益也就是蛋糕就那么大，通常地方内部都不够分，当面对外地的竞争者时，利益肯定是要分薄甚至失去，因为你竞争不过比你厉害的对手，为了抓住手里的利益不让外地人有机会取得，地方保护主义就抬头了。
