1、建溪书院。位于龙文区朝阳镇翁建社，为龙文区最早的古书院，毁于民国洪灾。清光绪《漳州府志》载：“建溪书院，在二十二都翁建社，洪武二十二年乡人苏廷贵建。国朝乾隆二十一年，绅士王天柱等捐修。”建溪，是九十九湾的古代名字，它在翁建的海潮堂前一分为二：一路主干流向西，一路翁建港（今遗迹仍存）向东南。相传“海潮堂”曾是朱熹的讲学处，相传是由于朱熹的感召力而形成了村庄，人们感其德，故名“翁建”——晦翁所建。
建溪书院原址不详。根据古书院常与庙堂结合的特点，其原址可能就是“海潮堂”——如今九十九湾边上的翁建桥边。
2、芗江书院。位于九十九湾入口处内林社内，明代府志载其始建名字为“龙江书院”。清光绪《漳州府志》载：“芗江书院在二十三四都翰林社，即文公祠也。洪武二十三年初，守钱古训、令刘孟雍创。祀文公，以陈淳、黄榦、刘宗道配。正统间，守甘瑛修，嘉靖二十八年令林松修，岁入威惠庙租银十两，今现存。”
值得注意的是，始建于宋嘉定年间的漳州芝山书院，最早也叫“龙江书院”，两同名书院之间，也许存在着某种渊源。另外，府志的记载有三个重要信息：一是芗江书院由漳州知府与龙溪县令创办，正统年间又由知府、县令重修，每年还有经费纹银十两，可见该书院很可能是为数极少的官办书院二是芗江书院同时也是朱文公祠三是清光绪年间书院还存在。据说毁于民国年间的洪灾，具体地址不详。
3、慧山书院（慧眼山房）。位于蓝田街道梧店社好景山次峰（今景山公园），毁于清代。慧山书院一名并未录入方志，只有古迹记载的慧眼山房。清乾隆《龙溪县志.古迹卷》：“慧眼山房在好景山次峰慧山之上，明陈天定买山种松、著书其中。后祀陈天定遗像，下有贤人泉……”
慧山书院是后人对位于慧山两处学堂的统称：一处是明隆庆年间，陈氏族人在慧山山麓修筑的、供子弟修文习武的“学顶社”二是天启年间，吏部郎中陈天定在慧山慧眼岩左侧所筑的慧眼山房。
4、邺山书院。位于古江东桥西岸溯北溪三四里处，始建于崇祯十六年（1643年），毁于清末。该地隶属龙文区朝阳街道科坑社区。
清代《漳州府志》载：“邺山书院，在邺侯山，明詹事黄道周讲学于此，中建讲堂，撰讲仪，具琴瑟钟鼓，四方之士从游者数百人，后圮。”邺山书院是崇祯年间黄道周创办的书院，岁久尽圮。清乾隆年间巡道单德谟重建讲堂，进士黄宽任江西崇义县令，假归后在邺山书院掌教20年，后因兵燹渐荒废。今仍遗十一处的摩崖石刻：黄道周题“蓬莱峡”、“芙蓉峡”、“道不绝风”、“墨池”和“游磬”，黄宽题“黄岩洞”、“静如太古”黄可润题“得珠”、“冠峰”、“蕉叶” ，单德谟题“吾道南来”。
