经正书院
设立于1891年，结束于1903年，历时13年，虽在昆明地区成立最晚、办学最短，但却“开南中未有之风”，与广东学海书院、浙江诂经书院、四川尊经书院并称于世，是清末最有特色、最有成绩的著名书院之一。
五华书院
从明代一直办到清末光绪二十九年 ( 1903 年）。“五华书院旧在府治西北，明嘉靖间巡抚王启建，久废。清雍正九年（公元 1731 年），总督鄂尔泰为‘聚三迤十四府秀良之士而藏修息游其中’，乃奏设于五华山之麓，因以为名。”五华书院是云南省清代较早也较重要的书院之一。
育材书院
由总督蔡毓荣、巡抚王继文建于康熙二十四年（公元 1685 年），又叫做昆明书院，在城南门外慧光寺左。康熙四十二年（公元 1703 年），御书“育材”二字赐匾悬挂。育材书院与五华书院在人员和规章方面比较相似，但育材书院成就略逊于五华书院，据《五华、经正、育材书院考略》称“惟车文富、汤立贤、周长清”等人较为有名。
玉龙书院
最早的前身是明朝洪武二十七年（1394年）大理府太和县学宫。清同治十一年（1872年），云南巡抚岑毓英驻兵于此，复改为玉龙书院。
