区别如下
1、成像原理不同：
CT主要通过放射线穿透人体进行断层成像，而核磁共振主要利用磁场的环境，对人体的结构进行成像。
2、检查需要的时间不同：
CT检查所需要的时间相对比较短，在放射线进行断层扫描之后，可以在短时间之内出结果，而核磁共振检查需要的时间比较长，相对清晰度比较高。
3、检查的优势不同：
CT检查可以清晰的判断骨骼的结构和损伤情况，对于出血以及含气体的组织分辨度比较高，而核磁共振对于神经、脑、脊髓、肌肉、韧带等软组织结构显示效果比较高，对于CT不能判断的病灶显示效果更好。
4、禁忌症有所不同：
CT检查含有一定的辐射，所以禁忌对孕妇进行检查，而核磁共振检查需要进入磁场的环境，所以对于幽闭恐惧症以及体内存在金属物质的患者属于禁忌症。
