1、承担责任不同：当注册的公司不是独立法人的时候，注册资本多少并不影响债务，但是如果公司属于独立法人，那么公司注册资金500万，表示最多承担500万的债务，公司资金100万，表示最多承担100万的债务。
2、经营范围不同：虽然现在已经实行认缴制了，但是少数行业和经营范围依然要求实缴并有最低注册资本限制，有限行业虽然不要求实缴，但也有最低注册资金的要求。例如注册国际运输公司，注册资金要500万，如果公司注册资金100万，那么就无法注册国际运输公司。
3、认缴年限不同：注册资本大小和注册资本认缴年限都是由股东自行约定，只要在公司章程中载明就可以，认缴不等于不缴，至于认缴年限，一般可以选择20年，就算你20年后发现自己缴不齐注册资本，还可以选择延长认缴期限或者降低注册资本。
直接区别就是注册1000万元可以签订1000万元的以上工程和项目，包括其他重要的装修工程必须注册一定数额的项目资金，如果是有1000万元的注册资金可以参与一定的项目招标。而注册500万元的就不可以，只能是参加一般的项目工程。
注册资本同时也是责任的上限，因为是有限责任公司，意思是股东要以投资为上线对外承担责任，那就意味着一个对外承担责任的上限一个是500万，另一个是1000万。
