一是交易指令不同。沪市有5种申报方式，深市有7种申报方式，深市多2种，交易指令更丰富。
二是单笔申报数量不同。沪市单笔申报限价30张、市价10张，深市限价50张，市价10张，对于交易量大的投资者，深市下单更方便。
三是备兑开仓锁券或解锁方式上不同。沪市在开仓时，需先锁券、再开仓，在平仓时，需先解锁、再平仓，开仓平仓均需分两步操作。深市开仓和平仓时，均是自动锁券和解锁，仅一步操作。深市备兑开仓平仓更加简便。
四是备兑券不足处理方式不同。针对备兑券不足情形，沪市采取补足标的券或强平，深市采取备兑仓转普通仓。在保证金充足的情况下，深市不易触发强平。
