硅藻是水产养殖公认的优良藻类，多生长在矿物质（尤其是硅元素）含量较高、池水搅动剧烈、光照充足的池塘或水域。绝大多数硅藻水呈棕黄色或棕褐色或红褐色，也有一些初生期的硅藻水呈现黄绿色。硅藻水多是表层偏清淡，中下层较浓稠，风浪大、水体搅动大或增氧搅水厉害时水色会在中午下午时渐渐变浓。
甲藻多数是海产，只有少数生活于淡水或半咸水中。甲藻有极强的趋光性，喜欢较高的水温，多生长于轻度富营养化的偏酸性水体。甲藻水颜色多样，有红色（薄甲藻呈血红带状赤潮、角藻呈红褐云彩状水华、夜光藻呈夜晚发光的粉红色赤潮、多甲藻呈红褐色）有黄褐色（多甲藻呈黄褐色、原甲藻呈黄褐色发光赤潮）有黄绿色（前沟藻）也有蓝绿色（裸甲藻呈蓝绿色云彩状水华、亚历山大藻呈淡蓝色发光赤潮）。
