员工缴纳社保的工资基数和员工是否需要缴纳个人所得税是没有直接关系的，只要员工每月工资在扣除社保之后超过3500元，那么就是需要缴纳个人所得税的。
依据《个人所得税法》
第六条应纳税所得额的计算：
一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
二、个体工商户的生产、经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
三、对企事业单位的承包经营、承租经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除必要费用后的余额，为应纳税所得额。
四、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得、财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
五、财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
六、利息、股息、红利所得，偶然所得和其他所得，以每次收入额为应纳税所得额。
个人将其所得对教育事业和其他公益事业捐赠的部分，按照国务院有关规定从应纳税所得中扣除。
对在中国境内无住所而在中国境内取得工资、薪金所得的纳税义务人和在中国境内有住所而在中国境外取得工资、薪金所得的纳税义务人，可以根据其平均收入水平、生活水平以及汇率变化情况确定附加减除费用，附加减除费用适用的范围和标准由国务院规定。
