二者的主要区别如下：
第一、 军鱼和重唇鱼的种类不一样：其中军鱼是倒刺鲃属而重唇鱼则是裸重唇鱼属。
第二、 军鱼和重唇鱼的外观大小不一样：其中军鱼体稍呈圆筒形。吻较圆钝，须2对。鳞大，侧线鳞20～26。背鳍无硬刺，在背鳍起点处有一平卧向前的尖刺，埋于皮内而重唇鱼体较长，稍侧扁，头长，吻钝而圆，眼大，侧上位，长于头侧中轴之上。口下位，呈马蹄形，唇发达，肉质，下唇两侧叶宽厚，一般具皱褶，唇后沟中断，间距甚窄。颌须一对，略短于眼径。下咽齿3行。侧线完全，前端微弯，鳞中等大，侧线鳞46（6-7）-（4-V）50。背鳍3，7，具有一光滑硬刺，其起点稍近于吻端。体背灰褐色，腹部白色幼鱼体侧有黑色斑点。
