南方古猿在生物分类上是人科-南方古猿属，目前发现有9个种的化石：湖泊种、阿法种、扁脸种、非洲种、埃塞尔比亚种、惊奇种、包氏种、源泉种、粗壮种。
南方古猿不是人属，但一般认为其中一个种是人属的直系祖先。
古人类学把直立行走作为人与猿的分界线，按这个标准，南方古猿不属于猿，属于人，他有明确的直立行走的证据。之所谓南方古猿的名字里带个“猿”字，是因为其化石发现的年代早，那时候古人类学还没有把直立行走作为人猿分界线。而生物学命名的规矩是，一旦命名，永久不变，所以名称一直保留了下来。比南方古猿年代更早的撒海尔人、原初人，反而带了“人”的称号。实际上，南方古猿比上述古人类更“进步”。
