番木瓜和木瓜的花果期、叶片花型和果实外观都有所不同，番木瓜全年都可以开花结果，其叶片较大，花朵为白色，成熟后的果实是橙黄椭圆状，而木瓜一般只在四月开花，十月结果，其花朵为粉色，果实为暗黄色，横切开种子分布在5室。
番木瓜和木瓜的花果期有所不同，番木瓜全年都可以开花结果，花果期相对较长，产量大，但番木瓜目前只在我国广西地区盛产，而木瓜一般只在四月开花，十月结果，一年收一季，产量较低。
番木瓜和木瓜的果实也有所不同。番木瓜成熟后的果实是橙黄椭圆状，果实中籽粒的分布没有规律，切开后种子聚集堆放，而木瓜的果实呈现椭圆形，颜色为深黄色，果实中的籽粒排列比较均匀，横切开种子分布在5室
