《火影忍者》手游不可以跨区招人，只能参加本区的组织。
游戏内组织系统包括五大功能，分别组织详情、组织祈福、迎击叛忍、要塞争夺战、组织商店。要进入组织大厅，玩家要做的第一件事，就是先加入一个合适的组织。第一次点击组织系统的玩家，可以在界面选择一个人员未满的组织，然后申请加入。
组织详情就是反映组织基本情况的界面，在这里，组织的成员列表、成员日志、组织公告都可以看到，这里就是记录每一个成员在组织动态的地方。此外，如果有玩家想退出当前组织，也是需要在这里选择退出组织，但是退出组织后，在规定时间内，是无法再加入其他组织的。
