消灭潜艇的方式分为海陆空三种方式，第一种可以建造谭雅潜伏到水中炸掉潜艇，或者依靠本方潜艇驱逐舰 大章鱼等水上力量。
如果是盟军，还可以派遣飞行兵压制潜艇，毕竟潜艇没有对空攻击的能力。如果临近陆地还可以用光凌塔袭击潜艇。
在红警系列中，如果想消灭潜艇部队的话，那么需要等潜艇部队涪城了以后，才能用坦克，机枪以及打炮来进行攻打，如果是前天没有富起来的话，那么在水底下的话，只能用舰艇发射的鱼雷才能将潜艇进行基层，所以说潜艇的功能还是比较巨大的，要多多进行利用它的功能。
盟军有海豚和巡洋舰可看到潜艇并可攻击。
苏军有潜艇和巨型乌贼可看到并攻击潜艇，还有谭雅潜水可见到潜艇。
如果潜艇露出海面任何武器都可攻击他，如航空母舰等。
但打空中的防空炮一类武器和射程太小的打不到。
