京杭大运河从哪一个河底穿过

黄河。

京杭运河输水隧道从黄河河床底部穿过，京杭大运河是世界上开凿最早，最长的人工河流，为南北走向的水上交通要道。

在运河和黄河的连接处，用堤坝调节河道的水位，南部分运河向北走的时候，就调高水位到黄河的河道中，北边南下的时候，就调低水位进入到南边的河道中，利用弯道减缓水势，下游还有诸多的河道分流。这样京杭大运河就穿过了黄河。