运营时间不同，珠海北站：珠海北站于2009年开工建设于2011年1月7日投入使用。珠海站：珠海站始建于2009年于2011年4月全面开工建设于2012年12月31日正式开通运营。
2、地理位置不同，珠海北站：珠海北站位于珠海市香洲区金鼎镇金峰北路。珠海站：珠海站位于珠海市香洲区拱北街道昌盛路5号。
3、建筑面积不同，珠海北站：珠海北站站厅建筑面积2500平方米，无柱雨棚结构投影面积达7500多平方米。车站共设两层，一层为站厅和设备用房，二层是站台。珠海站：珠海站总建筑面积为69488.44平方米。珠海站主体建筑有四层，地下一、二层分别是出租车站场和社会停车位。地下换乘中心设有6个车行出入口。地上一层是售票和候车大厅，二层则是乘车的站台。
珠海站是坐落在香洲区拱北口岸旁边设立的 高铁终点站。珠海北是坐落在高新区唐家湾镇，是从广州到珠海的 第一个珠海站点 ，他只是一个经过的站点不是终点站 ，而且每天的到达和经过的列车不是每一趟都停靠，相对来说可以 出发和到达的车次比较少 。没有珠海站 方便。
两个都是广州南站到珠海的城际动车站，仅是地理位置不一样。珠海北站是入珠海的第一站，位于市区北面的金鼎高新区。珠海站曾是终点站，位于市区的南端，因并肩于拱北口岸，所以人流是最大的。当然也因拱北比较繁华而吸引人流
