宋教仁三次辞官的原因不同：
第一次：拒受四品京堂
1908年，宋教仁针对日本蓄意挑起“间岛”（实指我国延吉四县，日本人称为间岛，清政府得到宋教仁提供的书证，保住了延吉四县的国土。袁世凯电令驻日公使李家驹致意宋教仁，请其回国任职，被宋教仁谢绝。
第二次：坚辞农林总长
宋教仁的政治主张与袁世凯针锋相对，没有调和余地，遂决意辞职，尽管总统、阁员再三挽留，党内同志多有劝勉，1912年7月8日，宋教仁向袁世凯递交辞呈，决然辞去农林总长。
第三次：不当内阁总理
1912年8月，袁世凯认定“宋教仁天资才调逸越侪辈”，于是又请此时先后到京的孙中山和黄兴出面劝说，宋教仁依然不为所动。
