1、种属不同。
水蛛：属于蜘蛛纲蜘蛛目水蛛科水蛛属。
轮虫：属于轮虫纲真轮虫亚纲轮虫总称。
2、外形差异。
水蛛：体长约在8-10毫米，雄性体型小，通体褐色，腹部土黄色，全身长满防水绒毛。
轮虫：体型微小，体长约在0.04-2毫米，身体为长形，分为头部，躯干，尾部。
头部有一至二圈的纤毛组成，形似轮盘。
水蛛，又名银蜘蛛，是其同类的唯一叛逆者，它生活在水的世界里。当它们潜入水中时，全身长满的防水绒毛就会附着许多气泡，犹如进入了一个空气层封闭的套子里。这奇特的气罩使水蛛成了一个水银球，光彩照人。偶尔，它们还会用腹部的末端探出水面，托起一个大气泡招摇过市。
轮虫形体微小，长约0.04-2毫米，多数不超过0.5毫米。它们分布广，多数自由生活，有寄生的，有个体也有群体。废水生物处理中的轮虫为自由生活的。身体为长形，分头部、躯干及尾部。头部有一个由1-2圈纤毛组成的、能转动的轮盘，形如车轮故叫轮虫。轮盘为轮虫的运动和摄食器官，咽内有一个几丁质的咀嚼器。躯干呈圆简形，背腹扁宽，具刺或棘，外面有透明的角质甲腊。尾部末端有分叉的趾，内有腺体分泌粘液，借以固着有其他物体上。雌雄异体。卵生，多为孤雌生殖。
水蛛”分为“细水蛛”和“大水蛛”。“细水蛛”主要是指大小在0.2 mm-0.5 mm之间的轮虫和小分枝角。农民普遍认为，他们可以通过60个筛网作为“细水蛛”。5天内可作为鱼苗的主食。
大水蛛主要是指枝角类，大小为0.53 mm，是苗期食物转化前的主要食物，根据鱼类种类，以大水蛛为主要食物的时间约为7~15天
