林姓和孔姓是同宗的关系。
孔姓的两个主要源头均为子姓之孔，其中一支是比干侄子微子启的后代。孔姓的两支主源出于子姓，出于微子启的一支孔姓与出于比干的林姓这二者的关系十分亲近，今一些地方的林、孔二姓建立同宗（同堂）关系也就不奇怪了。
林姓与孔姓的关系就是两个姓氏都是百家姓中的姓氏，都是两个具有悠久历史与传统文化底蕴的姓氏。我们中华民族文化底蕴深厚，传承着五千多年的文化精髓，对于世界姓氏文化发展做出了巨大贡献，对于推动世界姓氏文化进步居功至伟。
答案是：同宗关系。孔姓人尊奉的祖先是商朝末年的微子启，而微子启正是林姓祖先比干的侄子，二姓的血缘关系尤为相近，故与林姓同宗。
