二者外形的主要区别如下：
其中菟丝子是一年生寄生草本，外形是藤状，茎缠绕方式生存，外观黄色，纤细，无叶，少花或多花簇生成小伞形或小团伞花。而沙苑子有主根，圆柱状，长达1米，茎平卧，有棱，无毛或疏被粗短硬毛，与菟丝子不同，沙苑子是有叶的，分枝羽状复叶，具9～25片小叶托叶离生，披针形，长3毫米小叶椭圆形或倒卵状长圆形，长5～18毫米，宽3～7毫米，先端钝或微缺，基部圆形，上面无毛，下面疏被粗伏毛，小叶柄短。
沙苑子和菟丝子的区别如下。沙苑子是指背扁黄耆的种子。背扁黄耆是豆科，黄芪属植物。菟丝子是一年生寄生草本植物。茎缠绕，黄色，纤细，无叶。花序侧生，少花或多花簇生成小伞形花序花冠白色，蒴果球形，几乎全为宿存的花冠所包围。种子约2一49，淡褐色，卵形，表面粗糙。
