发酵和腐烂的不同而有极大的差异。对身体来说，发酵会制造出好东西，腐烂会制造出毒物。不过，以微生物的观点来看，两者都是为了维持生存而产生热量的现象，没有好坏价值之分。
掌管发酵的菌，主要是以下三种微生物。
（1）微菌
（2）酵母
（3）其他的益菌（藻类或菇类<担子菌类>也会进行发酵）
进行发酵的益菌代表，就是双歧乳杆菌、乳酸球菌等乳酸菌。摄取容易繁殖双歧乳杆菌食物，肠内益菌增加以分解食物，借着酵素的作用成为好的养分，合成维他命类，防止害菌增殖，同时抑制病原菌增殖，有助于维持健康。
如果摄取会增加害菌的食物，肠内害菌繁殖，产生腐败现象，就会出现氨、硫化氢、粪臭素、酚、胺等有害物质，成为引起各种疾病的要因。所以，避免害菌增加，才是维持健康的秘诀。
