薄层色谱法是利用装在一定容器中的吸附剂，在含不同化合物的溶液通过时对化合物的不同吸附力，而达到分离的目的。纸层析法是利用不同化合物的溶液在特定纸张（普通可用滤纸）上的扩散速度不同，而达到分离的目的。
一、性质不同
1、纸层析：用纸作为载体的一种色谱法。
2、薄层层析：色谱法中的一种，是快速分离和定性分析少量物质的一种重要实验技术。
二、用途不同
1、纸层析用途：常用于叶绿素色素、氨基酸的鉴定和测定、桔皮精油成分的测定和一些特定细胞的筛选实验。
2、薄层层析用途：适用于挥发性较小或较高温度易发生变化而不能用气相色谱分析的物质。
