跨服组织争霸赛简单来说就是全区16个组织进行pk，胜出前2名和本区相邻的8个区前2名进行最终对决。
组织争霸赛分为三个阶段：报名参赛、本服争霸和跨服争霸。组织报名参加争霸赛后，根据报名组织总战力筛选出前16名组织，16个组织进行单循环淘汰赛。本服争霸赛中前2名获得跨服争霸赛资格，跨服争霸赛将在邻近的8个服务器间进行，最终决出跨服争霸赛的冠军。所有参与本服和跨服争霸赛的组织都会获得丰厚奖励，排名越高奖励越好。奖励包含全新的S级忍者：猿飞日斩碎片。跨服争霸赛冠军组织所在服务器会额外获得全服金币奖励。1月9日全区服正式开启组织争霸赛。
安卓版本更新后，先在安卓手Q的1-16区开启组织争霸赛，12月27日进行本服争霸赛，12月28日进行跨服争霸赛。活动时间和奖励内容均为非正式。
