一是杂交种子的纯度不够高、质量不稳定。杂交稻在选育过程中采用了雄性不育系，在杂交后代中存在表现出来的风险，遇到环境、气候不适宜，容易导致减产发生。所以，购买杂交水稻种子时要特别注意生产日期、生产企业、保存条件等因素，最好做好发芽和鉴定试验。
二是不能自留种。不同与常规稻，杂交稻不能自我留种，因此生产成本会较高，有些繁殖基地随意杂交育种，技术不过关，也会存在风险。
三是米质支链淀粉含量较低，口感不大对消费者胃口，认为品质不够好。其实杂交稻米质还是很好的，只是消费者消费习惯不同，口感差异和偏向不同而已。
四是北方地区杂交稻品种较少，即抗寒性杂交稻品种少，在我国北方地区推广受限。
