种子生于杯状红色肉质的假种皮中，常呈卵圆形，上部渐窄，稀倒卵状，微扁或圆，上部常具二钝棱脊，先端有突起的短钝尖头，种脐近圆形或宽椭圆形。
心材桔红色，边材淡黄褐色，纹理直，结构细，坚实耐用，干后少开裂。采种催芽。10月中下旬，果实呈深红色时采收种子。该种子属生理后熟，需要经过1年的湿沙贮藏才能发芽。常采取室外自然变湿沙藏层积法处理种子，以提高发芽率。
红豆杉种子的特征
种子坚果状，当年成熟，生于杯状肉质的假种皮中，稀生于近膜质盘状的种托（即未发育成肉质假种皮的珠托）之上，种脐明显，成熟时肉质假种皮红色，有短梗或几无梗子叶2枚，发芽时出土。
