甲醇对食微比(F/M)的影响最大。所谓的F/M，通俗地说就是食物和微生物的质量比，其所反映的基本概念是有多少食物就能养多少微生物(也就是养多少活性污泥)。
F/M就是污水中所有3大营养物与微生物的质量比。理论上，SBR工艺和AAO工艺中食微比(亦称有机负荷率)F/M=0.2～0.4。若不添加甲醇，污水站生化池内的F/M就会过低，表象为活性污泥增多，污泥色泽变深，沉降速度加快，污泥压缩性能变好，但实质上好氧池会出现溶解氧量严重不足的现象，若其氧量补充不及时，则会造成上清液挟带小颗粒絮体，好氧池出水会变得混浊，污染物指标呈上升趋势。
甲醇对水生微生物有弱毒性，质量浓度为790 mg/L的甲醇可使生物滤池中有机物的分解效果减弱质量浓度为5 000 mg/L的甲醇可抑制消化池中污泥的消化。
