项目指挥部不是企业内部相对独立核算单位，它只是代表公司进行现场协调和指挥，它的行为即是公司的行为。而项目部是指企业为某项目而成立的项目管理机构，它是以项目为中心进行独立核算的企业内部单位，它和公司签订有责任目标，公司对其实行目标管理。
两者主要在工作内容和工作特点两方面存在区别。
一、工作内容
指挥部：指挥部一般是临时机构，如建设某项大型工程，设立筹建指挥部，项目建成后，指挥部取消。
项目部：接受建设单位和监理单位对本工程施工进度、质量、环境保护、职业健康安全、文明施工等工作的监督检查和指导，按时、如实向监理单位汇报工程的各方面情况。
负责组织指挥本工程施工，在技术、进度、安全、质量、文明施工及清障等方面均达到招标书的要求。项目部统一调配现场的施工技术力量，包括人员、材料机械设备及工具，确保本工程各项技术经济指标在竣工日期前圆满完成。
制定并组织施工技术、质量、职业健康安全、环境保护等措施的贯彻实施，经常深入施工现场，检查指导施工工作，组织安全大检查、质量检查以及分部工程质量检查工作。
二、工作特点
指挥部：由部门或地方党政领导为主，勘察设计、施工单位、建设银 行、物资部门等共同参加，形成强有力的项目建设指挥系统，工作内容比较全面和琐碎。
项目部：工作内容比较具体和专业。
刚工作的去指挥部比较好，可以有一个整体的认识。
二者区别很大：项目指挥部是项目的指挥、管理和协调机构，同时负责对接政府各职能部门项目部是具体工程项目施工实施机构。项目部接受项目指挥部领导和管理。
