1、制作原材料不同：巧克力其主要原料可可豆产于赤道南北纬18度以内的狭长地带。作饮料时，常称为“热巧克力”或可可亚。咖啡是用经过烘焙的咖啡豆制作出来的饮料。
2、功效不同：咖啡有醒神、提神、解酒的作用。食用巧克力有提升精神，增强兴奋等功效，可可含有苯乙胺，坊间流传着能够使人有恋爱的感觉的流言。
3、含有成分不同：巧克力含有成分可可碱、苯乙胺等，咖啡的主要成分为咖啡因。
4、原料产地不同：巧克力（chocolate也译朱古力），原产中南美洲，其鼻祖是“xocolatl”，意为“苦水”。其主要原料可可豆产于赤道南北纬18度以内的狭长地带。咖啡主要产地为巴西、哥伦比亚、埃塞俄比亚等等。
5、分类不同：咖啡分为速溶咖啡、拿铁、美式、摩卡等，巧克力在制造过程中所加进的成分不同，也造就了它多变的面貌。市面上的纯脂巧克力，依照国标GB/T 19343可分为黑巧克力（Dark Chocolate或纯巧克力）－－总可可固形物≥30%牛奶巧克力（Milk Chocolate）－－总可可固形物≥25%及总乳固体≥12%白巧克力（White Chocolate）－－可可脂≥20%及总乳固体≥14%。* 巧克力中的非可可植物脂肪添加含量不得超过5%。
