杭州南站和杭州东站的主要区别是:车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同。1.车站地址不同 杭州南站的车站地址位于浙江省杭州市萧山区站前路1号而杭州东站的车站地址位于浙江省杭州市江干区全福桥路2号。2.车站规模不同