1、外观不同
竖笛通常是八孔的，为系列乐器，常用于演奏的有五种，分别是超高音笛、高音笛、中音笛、次中音笛和低音笛。
箫分为洞箫和琴箫，皆为单管、竖吹，一般由竹子制成，吹孔在上端。按“音孔”数量区分为六孔箫和八孔箫。六孔箫的按音孔为前五后一，八孔箫则为前七后一。
2、音色不同
竖笛音色纯正清丽，柔和轻盈，被称为“柔和的笛子”、“像鸟唱歌的笛子”，它以自然呼吸的力度即可吹响。
萧可自如地吹奏出滑音、叠音和打音等，但灵敏度远不如笛，不宜演奏花舌、垛音等表现富有特性的技巧，而适于吹奏悠长、恬静、抒情的曲调，表达幽静，典雅的情感。
3、来源不同
竖笛是欧洲一种历史悠久的木管乐器，从中世纪起开始使用，它起源于15世纪的意大利，十六至十八世纪盛行于欧洲各国。竖笛音色优美圆润，是欧洲重要的管乐器，也是巴洛克时代的标准独奏乐器。
箫起源于中国，其历史可以追根溯源到远古时期。中国考古学表明，出土文物中发现了有距今七千多年的骨质发声器，考古学家称之为“骨哨”。
