因为“使徒”是地球上真正的“正统居民”为了拿走地球的生存权。
根据剧情，使徒乃是出生于生命之源“亚当”的卵“白之月”（位于南极），而人类则出生于另一生命之源“莉莉斯”的卵“黑之月”（位于日本第3新东京市的球形地下空洞，即NERV本部的所在地），所以使徒可以视作“另一种人类”。
根据设定，使徒拥有“生命之果”，所以有强韧的生命力、自我修复能力，以及强大的绝对领域（A.T.力场）人类则拥有“智慧之果”，所以拥有文明与科技，却因为没有强大的绝对领域而分裂成好几个小个体。因为一个星球只会有一个生命之源，再加上亚当比莉莉斯早来，因此可以说使徒才是地球的“正统居民”。
所有的使徒在活动前，都处于长眠的状态，但在第二次冲击后，亚当释放出来的能量使得使徒一个个苏醒过来。苏醒过来的使徒，会因为生物寻找母亲的本能去寻找“亚当”。这是它们冲着第3新东京市去的原因。
由于使徒一旦回归亚当，就会发动“第三次冲击”，并拿走地球的生存权，令人类毁灭，与SEELE“由人类掌控第三次冲击的发动权（即‘人类补完计划’）”的目的不符，因此需要由他们的执行单位NERV替他们铲除所有阻碍他们计划的使徒。
使徒的目的并不是攻击人类，他们行动的唯一准则是回归亚当。但只要使徒回归亚当，必然会引发第三次冲击，所以人类才会去加以阻挠。
攻击人类是为了获取人类的资源，吸收进去以增强自身实力，让他们种族更强大。所以第三新东京市建立的在莉莉丝的上层的目的，本身就是为了吸引使徒，并将它们全部消灭。
