崔浩被诛灭九族有以下四个原因。
一.修史内容犯忌
崔浩三朝元老，长期掌握权力，自以为是。最致命点是在续修史书中，对一些犯忌讳的记载没有进行修饰或处理，记载犯忌讳的内容是崔浩被杀的最根本原因。
二.用错人做错事
崔浩修史中重用闵湛和郗标，导致做错事，后果不可收拾，直接造成被杀。《国记》修撰完成后，闵湛和郗标出于私心建议崔浩将新撰写的《国记》镌刻于石碑上，让天下人都可以看到。崔浩既然也同意了，让人将《国记》全部刻在石碑上并立于郊天坛东。汉人看了石碑上的内容，茶余饭后津津乐道。但是，鲜卑人看到了石碑上的忌讳内容，立马向太武帝报告，于是太武帝大恕下旨将崔浩满门抄斩，即著名的“国史之狱”。
三.得罪鲜卑贵族
崔浩企图按照汉族的传统思想，重新调整氏族的尊卑，得罪了大部分鲜卑贵族是崔浩被杀灭族的一个主要原因。公元431年，崔浩“欲大整流品，明辨姓族”，其表弟卢玄劝阻他“创制立事，各有其时乐意做这件事的人，能有几人！请你要三思。”但是崔浩没有听进去，此举得罪了众多的鲜卑贵族，从此走到鲜卑贵族的对立。
四.被疑怀有私心
太子拓跋晃监国时，崔浩向太子推荐多个自已的人做郡守，太子不同意，但是崔浩却力争到底，并如其所愿。事后太武帝得知很是不快，怀疑崔浩有私心，想独揽朝纲，到处安插自已人。此事后，太武帝心里疑其怀有私心，有了杀他的想法。
真相有三点。
第一，崔浩自比张良，历仕道武帝、明元帝、太武帝三帝，是太武帝最重要的谋臣之一，为促进北魏统一北方做出重大贡献。屡次力排众议，根据星象和人事判断时机，辅佐太武帝灭亡胡夏、平定北凉各击破柔然，解除了来自北方和西北地区的军事威胁，打开了通往西域的商道。拜太常卿，迁司徒，封东郡公。崔浩位高权重后，往往专断独行，在任命郡守等地方官的时候固执己见，树敌太多，木秀于林，风必摧之。
第二，让崔浩致命的是所谓“国史之狱”。崔浩受命牵头续修国史。写作班子按照太武帝拓跋焘一定要如实记述的精神，采集了魏国上代的资料，编写出一本“国史”。书中毫不避讳地尽述拓跋氏的历史。
这东西拓跋焘本意只是留给皇室后代看的但是参与编写的闵湛，郗标两人为了拍崔浩马屁，建议把“国史”刊刻在石碑上，彰显秉笔直书。这样一来，却把鲜卑人以往的落后习俗公开在世人面前。
这个做法彻底激怒了鲜卑贵族们。就好比人一暴发户，你把他发迹前穷困潦倒，甚至偷鸡摸狗，坑蒙拐骗的往事公布于众，还刻在石碑上让人们永远记得，他能不跟你急眼吗
太武帝拓跋焘接到鲜卑贵族们告状后，命令将崔浩以及写书的秘书郎吏们一并收捕治罪。公元450年7月的一天，崔浩被送往城南刑场杀头，一路上，数十名军士往他的头上撒尿，其形状惨不忍睹。
第三，最根本的原因，还是鲜卑贵族对赵魏汉族门阀猜忌。崔浩的才干与权力，引起了执政的北方贵族及其他人的忌妒，相与谮毁，以修史宣杨“国恶”的罪名被灭九族。
