小檗碱是黄色针状晶体，其分子式为C20H18NO4，表现为季铵型、醇型、醛型3 种互变异构体，其中以季铵碱型最稳定。小檗碱能溶解于冷水( 1∶ 20) ，略溶于冷乙醇( 1∶ 100) ，在热水或热乙醇中溶解度比较大，难溶于丙醇、氯仿或苯，盐类的溶解度较小，硫酸盐在水中的溶解度约为1 ∶ 30，盐酸盐微溶于冷水( 1∶ 500)。
