很少有用底滤缸的下面滤槽（缸）养鱼的，因为就是和滤缸设置的目的相违背的。滤缸主要是放生物过滤材料，利用硝化菌处理水中有害的亚硝酸盐的。从最大发挥作用的角度来看，会尽量多的放置滤材。不会去放这些有害成分的制造者——鱼。但是也有例外，海水礁岩水族箱柏林系统的底滤，会用到藻缸，那里是没有传统的滤材，而是使用海藻来吸收营养盐的，有鱼友也会在那里放几条不适合养在主缸的鱼，比如海马。
