根据溶酶体的形成过程和功能，把溶酶体命名为前溶酶体和溶酶体。
晚期胞内体与脱包被的含有溶酶体酶的转运小泡融合成前溶酶体，它从高尔基体或细胞膜上的转运泡（如果是从细胞膜上通过胞饮作用在网格蛋白介导下回收的溶酶体酶则在脱去包被后形成胞内体）接受了新合成的水解酶和溶酶体膜蛋白，在质子泵的作用下，pH维持在低水平。
随后已经糖基化且磷酸化的溶酶体酶与膜上的M6P受体分离。
接着，M6P与溶酶体酶分离，溶酶体酶去磷酸化。pH再进一步降低，即成为溶酶体。而M6P受体则可以进一步回收至高尔基体TGN或细胞膜上。
前溶酶体为细胞液内由单层脂蛋白膜包绕的内含一系列酸性水解酶的小体，是细胞内具有单层膜囊状结构的细胞器，溶酶体内含有许多种水解酶类，能够分解很多种物质，溶酶体被比喻为细胞内的“酶仓库”“消化系统”。 溶酶体的功能：
一是与食物泡融合，将细胞吞噬进的食物或致病菌等大颗粒物质消化成生物大分子，残渣通过外排作用排出细胞
二是在细胞分化过程中，某些衰老细胞器和生物大分子等陷入溶酶体内并被消化掉，这是机体自身重新组织的需要。
