电影的故事原型，其实就是发生在明朝中叶的一段宦官专政意图陷害忠良的真实历史，被迫害的忠良是大明兵部主事王守仁。
这段历史发生在明武宗正德年间，彼时，有宦官“八虎”之首称谓的宦官刘瑾专权，内害忠良，外欺庶民，朝中大臣多敢怒不敢言。御史戴铣看不惯刘瑾为非作歹，上疏弹劾刘瑾罪状，反被削官为民，发配边疆戍边。兵部主事王守仁见戴铣因揭发刘瑾受迫害，忿忿不平，为营救戴铣也上书奏刘瑾一本，谁知奏折被刘瑾截获，他便矫诏，刑仗王守仁五十大板，直打得皮开肉绽，死去活来。接着，又把王守仁贬为贵州龙场驿丞。
《龙门客栈》取材于明朝的“夺门”之变，明朝大臣于谦因“土木之变”而拥立景帝、保卫京都，成为一代名臣，但景泰八年，将军石亨、宦官曹吉祥（曹少钦原型）拥英宗复辟，以某逆罪将于谦处死。
