柯南中有死罗神的是521集：杀人犯！工藤新一，以及522集：新一的真面目和兰的眼泪。
收到自称屋田诚人寄来的关于1年前工藤新一所破解的杀人事件的推理存在疑点的信的平次，约上小五郎、柯南、小兰、和叶前往东奥穗村。平次等人在拜访村公所的时候，柯南则独自一人进入了森林。原来随信还有附寄给新一的一封信，约在山中小屋见面。
此时，柯南突然感到莫名的痛苦。原来柯南在感冒后，从阿笠博士那里得到的药，居然是小哀研究出的APTX4869的解毒剤的试制品。小兰等人为寻找柯南，进入森林，却意外与新一相见。但是，新一因丧失记忆，甚至连小兰都忘记是谁了…。为了找寻丧失记忆的新一而走入森林的小兰，在撞见死罗神后滑落悬崖昏迷过去。此后，平次等人在山中小屋发现了不知去向的小兰。
平次发现了化妆用的白色假发，认定这个小屋的主人就是死罗神。随后在小屋内发现了被粉碎地劈开的新一的照片和零乱的镜子碎片的平次，参透了事件的真相，让城山召集大家到泷德家。然后，平次开始在大家聚集的泷德家进行解谜。原先认定新一不可能刺杀他人的平次，却清楚的断定新一正是那刺入他人要害的真凶…
