村庄位于昌平区北，周边有明十三陵、银山塔林、十三陵水库、九龙游乐园、居庸关长城堆臼峪风景区、莽山国家森林等人文及自然景观。
东水峪村位于长陵镇东部，东部与兴寿镇交界，北部紧邻同镇的望宝川村，西部为老君堂，南部与长陵村与永陵村相邻。
东水峪路东西向穿村而过，成为村庄主要对外联系道路。村委会位于村庄中部、紧邻东水峪路。村域内没有公交线路通过，在东水峪路与怀长路相连接处（老君堂村域范围内）设有公交车昌平32路车站（昌平北站——九渡河）骑自行车、机动车等方式到达镇中，较为方便。
自驾车到东水峪村较方便，自驾车可从德胜门走京昌八达岭高速公路，由昌平西关环岛（13C出口）往十三陵方向，长陵镇怀长路北行3公里即到。
