经过《超惑星战记Zero 2》中的长时间且危险的太空旅行，主角“杰森”和“伊芙”最终到达了索菲亚星球。然而，一场新的危机已经在那里等待着他们。他们被索菲亚的军队攻击，星际全地形战斗坦克“G-SOPHIA SV”变得无法操作，主角一行人被抓了起来。在杰森找到任何答案之前，他和其他人被囚禁的索菲亚部队基地却突然陷入混乱，他得以逃脱并夺回G-SOPHIA SV。杰森和伊芙的命运，以及索菲亚星球的命运，都围绕着变种人的威胁。
