因为彩色珍珠的颜色主要是由珍珠体色、伴色和晕彩综合而成的。珍珠的体色受珍珠贝母种类及养殖环境的影响，珍珠伴色是于体色之上的一种或多种颜色混合产生的，而珍珠的晕色是在不同角度观察珍珠时产生的一种可变化的彩虹色彩。
所含的各色的致色离子金属离子和有机色素的含量不一样就会影响颜色。其次，蚌或贝的种类不一样，产生的珍珠颜色也是不一样的。通俗的讲，这个是由基因决定的，比如说黑蝶贝产生的珍珠就是黑珍珠，金蝶贝产生的珍珠就是金珠，白蝶贝产出的珍珠就是南洋白珠。最后，养殖时间的长短、光照和水域的类型和水温的环境以及收获的季节等等，外部环境的因素也会影响珍珠的颜色。
海水和淡水直接影响了珍珠的颜色。
金色的珍珠是金蝶贝所孕育的，而金蝶贝只能在大海里生长，是海水珍珠。再比如说，黑色的珍珠是黑蝶贝养出来的珍珠， 而它一定是海水珍珠，再比如紫色和橙色的珍珠，它是三角帆蚌养出来的珍珠，所以它一定是淡水珍珠，对于这几种颜色的珍珠，我们可以根据颜色判断出来它到底是海水还是淡水珍珠。
