1、区别是全资一定是直接控股，百分百控股可能是间接控股。
2、股东人数不同
如B公司是A公司的全资子公司，则B公司只能有A公司一个股东。如A公司对B公司百分百控股，B公司可能有两个及以上股东。
全资和控股的区别在于全资是100%出资，股东只有大公司一个，大公司拥有100%的股权 。控股是不止一个股东（股东除了大公司还有其他股东）股东至少是2人或以上，在所有股东中，大公司的股权比例是最大的一个或者股权比例虽然不是最大，但有子公司的实际的控制权和经营权。
百分百控股和全资有区别，100%控股主要是指本企业控制另一个企业，也是完全控制，实现100%控股，可以是全资出资，也可以是通过协议，在享有控制权时，享有了其他委托人的表决权，而全资主要是指企业100%出资，当然，100%出资，也就是全资子公司享有的控制权，也是100%，100%控股未必是全资子公司，但全资子公司一定是100%控股
