性质不同。
大曲性质：用来酿酒的一种原料。小曲性质：制造白酒的发酵剂。大曲和小曲的外观并无区别。生产过程不同大曲生产过程：大曲在经过强烈蒸煮的白米中，移入曲霉的分生孢子，然后保温，米粒上即茂盛地生长出菌丝，此即酒曲。
小曲生产过程：用米、高粱、大麦等为原料，并酌加几种中药。
大曲酒和小曲酒的区别：
1、制作方法不同
大曲酒采用顶部发酵，酵母一直漂浮在发酵液体的表面。
2、制作原料不同
大曲酒为糖化发酵剂，大曲酒的原料主要是小麦、大麦，加上一定数量的碗豆。
小曲酒所用原料以大米为主，制成的酒具有独特的米香。
3、使用的酵母不同
大曲中主要的微生物是曲霉和醋酸菌、乳酸菌以及酵母。
小曲是米粉和米糠并添加香料制成，形状比较小，有圆饼形式圆球形，也有正方形或是长方形。
4、产地不同
酒曲酿酒是中国酿酒的精华所在。酒曲中所生长的微生物主要是霉菌。对霉菌的利用是中国人的一大发明创造。
日本有位著名的微生物学家坂口谨一郎教授认为这甚至可与中国古代的四大发明相媲美，这显然是从生物工程技术在当今科学技术的重要地位推断出来的。随着时代的发展，我国古代人民所创立的方法将日益显示其重要的作用
酒曲的原料不同
大曲酒以大曲为糖化发酵剂，主要原料为小麦、大麦加上一定量的豌豆，采用固态法发酵。而小曲酒的酒曲则是以米或米糠为原料，还添加中草药或者蓼粉为辅料，加之少量白土作为填充料，采用半固态法发酵。
制曲的温度不同
大曲的制曲温度比较高，高温在五六十度，中温也要在四五十度。小曲的制曲温度一般为三十五度上下。
出酒量不同
大曲酒的出酒量比较低，而小曲的出酒量比较高。
成本周期不同
大曲酒消耗酒曲非常高，酿酒的周期也非常的长，因此成本也就比较高。小曲酒的酒曲用量少，出酒快，进而成本比大酒曲的低。
酒体不同
大曲酒一般香气比较浓郁，曲香馥郁，口感醇厚，且饮用之后会有明显的回甘，比较有层次感，茅台、五粮液、金沙古酒等知名白酒都是大曲酒。小曲酿造的酒侧重酒味的醇净，香气优雅迷人，口感柔和清爽。广西的桂林三花酒、湘山酒、广东长乐烧等知名白酒就是用小曲酿造，也受到大众的喜爱。
