公司不缴存住房公积金没有赔偿，公积金不同于社会保险，这属于两个系统，因此不缴存公积金的处理与不缴纳社会保险的处理不一样，不缴存公积金不需要赔偿。但是用人单位不缴存公积金会由住房公积金管理中心进行监督，责令其限期缴纳，否则劳动者可以申请强制执行。
