1、卫生纸和纸巾的含菌量不同：纸巾纸直接接触面部，对卫生要求十分严格，国家规定每克纸巾纸含菌量不得高于200个单位而卫生纸的要求就相对宽松，每克卫生纸含菌不高于600个单位就算合格了。
2、卫生纸和纸巾的造纸木浆不同：买纸巾时看到的原生木浆和纯木浆不是一个概念。原生木浆是指造纸的木浆都是新原料，根据国家卫生标准，纸巾纸必须使用原生木浆。纯木浆中允许存在再生材料，用再生材料做卫生纸是符合国家卫生标准的。
3、卫生纸和纸巾的荧光增白剂要求不同：纸巾纸要与人的面部接触，按规定是必须不含迁移性荧光增白剂的，合格的纸巾纸可以放心使用，不会损伤皮肤。而卫生标准对于卫生纸是否含有迁移性荧光增白剂，含量多少均没有明确要求。
