传统方法为1998年由ducret等人提出的数据依赖性采集(dda，datadependentacquisition)，该方法中，先进行一次母离子扫描，然后挑选其中丰度较高的母离子，依次进入碰撞腔解离并得到子离子谱图。该方法可得到较高的分析物覆盖度，因此至今仍是被广泛采用的采集方法。
近年来数据非依赖性采集(dia，dataindependentacquisition)得到了较快发展，相比于dda方法，该方法具有更高的灵敏度、动态范围、分析通量和更好的定量性。这种方法的典型代表是美国专利us6717130中描述的mse方法以及美国专利us8809770中描述的swath方法。在mse方法中，先进行母离子扫描，然后把较宽质量段甚至全部的母离子一起放入碰撞腔进行解离，并记录子离子谱图，通过同一分析物的母离子和子离子在色谱(或离子迁移谱)中的保留时间或峰型等方面具有相同的特征，用解卷积算法关联母离子和子离子。
