二者的区别主要是呼吸是否受到呼吸主体受到外在控制。自主呼吸是呼吸主体自然而然的、不加外在控制和任何心理、意识的控制呼吸，也可称之为自然呼吸。而意识呼吸则是呼吸主体用意识来控制呼吸模式。比如胸式呼吸或腹式呼吸就属于此类。
区别在于有没有人为控制。自主呼吸指不由自主的呼吸，活着就得顺畅的呼吸，断脐带以后建立起来的自主呼吸。
意识呼吸，是有意识的故意的控制呼吸，或快或慢，或深或浅……
意识呼吸也是自主呼吸，是个体在自然状态下的呼吸过程，吸气时胸腔内压力为负压，其频率、潮气量均由个体自己调节和控制。自主呼吸，就是天生赋予的、自然而然的自然生理呼吸，也可称为“自然呼吸”。也就是，不加任何心理、意识控制呼气和吸气的长短、舒缓、深浅、粗细
